红色面包霉通常是以单倍体的菌丝生存的。并且以有丝分裂行无性生殖为主要生殖方式。有性生殖时，由两个不同的交配型菌丝通过原生质的融合和异型核的结合而形成二倍体的合子。二倍体合子存在的时间很短，它们能迅速长成长形的子囊。每个子囊中的核都进行两次减数分裂，产生出4个单倍体的细胞核，再经一次有丝分裂形成8个核，每个核被厚膜所包围形成子囊孢子。子囊孢子在适宜的环境中萌发，通过连续的有丝分裂产生新的菌丝体。