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“菌”包括原核的“细菌”和真核“真菌”。

（1）细菌是一大类能独立生活的单细胞微生物，它们的新陈代谢就是从周围环境中摄取营养，以获得能量和合成自身组分的原料。细菌的表面积大，新陈代谢活跃且多样化，生长繁殖迅速。细菌在代谢过程中不同菌可产生不同的代谢产物，有些产物对人有害，例如细菌产生的毒素和酶与其致病性有关；有些产物对人有利，例如细菌产生的维生素；有些产物对鉴别诊断细菌有作用，例如色素及糖分解产物等。根据细菌的形状不同可分为：杆菌、球菌、弧菌等。根据其异化作用是否需要氧气可分为：需氧型细菌、厌氧型细菌、兼氧型细菌。根据其营养不同，对碳源利用情况的差异，可将细菌分为两类。1）自养菌：此类细菌能利用二氧化碳或碳酸盐作为唯一碳源。2）异养菌： 需要利用有机物质碳作为营养和能源的细菌。异养菌又可以分为两类：A.腐生菌：有些异养菌能从无生命的有机物质中摄取营养。B.寄生菌：有些异养菌寄生于活的动植物体内，从宿主体内的有机物质中获得营养和能量，这类细菌称为寄生菌。大部分致病菌属于寄生菌。

（2）真菌类：所有霉菌（如黄曲霉、面包霉青霉等）、酵母菌、蘑菇等。

（3）细菌按其外形可分三种基本形态，即球形、杆形和螺形。

球菌：外形呈球形或近似球形，直径0.8～1.2μm。由于细菌在繁殖时二分裂的平面不同，分裂后新菌排列的相互关系不同，进一步又将它们分成双球菌、链球菌、四联球菌、葡萄球菌等；若菌细胞在一个平面上分裂，分裂后的两个新菌体成对排列者称双球菌；若分裂后的新菌体相连排成链状者称球菌；若菌细胞在两个或三个相互垂直平面上分裂，分裂后的新菌体排列在一起呈正方形者称四联球菌或八叠球菌；而那些无规律地在多个平面上分裂，分裂后又堆积在一起者称葡萄球菌。

杆菌：呈杆状，如大肠杆菌、结核杆菌、乳酸杆菌、破伤风杆菌等。

螺菌：如果菌体只有一个弯曲呈弧形或逗点状，称为弧菌，如霍乱弧菌；反之，如果菌体有多个弯曲，但不超过3－5个弯曲，称为螺形菌，如鼠咬热螺菌。