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与地理隔离对立的一种隔离，大致相当于从前所说的生理隔离。地理隔离由外因引起，而生殖隔离一般是在具有遗传差异（内因）的基础才有可能（遗传隔离）。同一地点的种、亚种的隔离完全是生殖隔离，但不同地点的种、亚种在许多情况下，似平也会很快发生这种作用。关于生殖隔离，许多人进行过讨论。斯特宾斯（G.L.Stebbins，1966）作了如下的分类：（1）合子形成前的机制。（i）生态隔离：虽在同一地域，但生态地位不同。（ii）季节隔离：开花期有分离。（iii）行为性隔离（ethological isola－tion）：雌雄的性习性不同。（iv）机械隔离：基于生殖器官构造的差异。（v）配子不亲和现象（gameteincompatibility）：一方的配子体在另一方的生殖器官内死亡。（2）合于形成后的机制。（i）杂种死灭或弱势（hybrid inviability，hybrid weakness）。（ii）杂种不育。（iii）杂种衰败（hybrid break－down）：F2以后死灭或弱势。在自然界中这些因子是重复地起着隔离作用的。