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如果从形态上观察各种真菌，可能有较大的差异，但是它们的细胞构造基本上是相同的。真菌细胞的基本构造有细胞壁、细胞膜、细胞核、内质网、线粒体等。

细胞壁

真核微生物细胞壁的功能与原核微生物类似，除具有固定外形外，还有保护细胞免受各种外界因子（渗透压、病原微生物等）损伤等功能。

真菌细胞壁的主要成分是多糖，另有少量的蛋白质和脂类。许多研究发现，不同的真菌，其细胞壁所含多糖的种类也不同，在低等真菌中，以纤维素为主，酵母菌以葡聚糖为主，而高等陆生真菌则以几丁质为主。

细胞质膜

细胞膜是所有细胞生物的重要细胞结构之一。真核细胞与原核细胞在其质膜的构造和功能上十分相似，两者的主要差异可能仅是由于构成膜的磷脂和蛋白质种类不同而形成的。此外，在化学组成中，真菌细胞的质膜中具有甾醇，而在原核生物的质膜中很少和没有甾醇。真核细胞中有细胞器存在，各种细胞器都有内膜包围，这些膜叫做细胞内膜，其化学组成与细胞膜相同。

细胞核

细胞核是细胞内遗传信息（DNA）的储存、复制和转录的主要场所，外形为球状或椭圆体状。一切真核生物都有形态完整、有核膜包裹的细胞核，它对细胞的生长、发育、繁殖和遗传、变异等起着决定性的作用。每个细胞通常只含一个核，有的含两至多个，例如须霉属(Phycomyces)和青霉属(Penicillium)的真菌，有时每个细胞内竟含20～30个核，占了细胞总体积的20%～25%，而在真菌的菌丝顶端细胞中，常常找不到细胞核。真核生物的细胞核由核被膜、染色质、核仁和核基质等构成。

内质网

内质网指细胞质中一个与细胞基质相隔离、但彼此相通的囊腔和细管系统，由脂质双分子层围成。其内侧与核被膜的外膜相通。内质网分两类，它们间相互连通，其中之一是在膜上附有核糖体颗粒，称糙面内质网，具有合成和运送胞外分泌蛋白的功能；另一类为膜上不含核糖体的光面内质网，它与脂类代谢和钙代谢等密切相关，主要存在于某些动物细胞中。

核糖体又称核蛋白体，是存在于一切细胞中的无膜包裹的颗粒状细胞器，具有蛋白质合成功能。真核细胞的核糖体较原核细胞的大，其沉降系数为80S。每个细胞含大量核糖体，核糖体除分布在内质网和细胞基质中，还分布于线粒体和叶绿体中，但它们都是与原核生物相同的70S核糖体。

高尔基体

高尔基体也是一种内膜结构，由意大利学者高尔基(C.Golgi)于1898年发现，故名。它是由许多小盘状的扁平双层膜和小泡所组成，其上无核糖体颗粒附着。高尔基体是协调细胞生化功能和沟通细胞内外环境的一个重要细胞器，通过它的参与和对“膜流”的调控，就把细胞核被膜、内质网、高尔基体和分泌泡囊的功能联成了一体。

线粒体

线粒体是含有DNA的细胞器。它的构造较为复杂，外形囊状，由内外两层膜包裹，囊内充满液态的基质。外膜平整，内膜则向基质内伸展，从而形成了大量由双层内膜构成的嵴。内膜是氧化磷酸化及电子传递产生ATP的场所，故线粒体是一切真核细胞的“动力车间”。不同细胞种类或在不同生理状态下，其形态和长度变化很大。一般在光学显微镜下呈线状、杆状或颗粒状。

液泡

在真核细胞中还有或大或小，含有液体的泡，这就是液泡。液泡中的液体叫做细胞液，主要成分是水，含有糖原、脂肪、多磷酸盐等贮藏物，精氨酸、鸟氨酸和谷氨酰胺等碱性氨基酸，以及蛋白酶、酸性和碱性磷酸酯酶、纤维素酶和核酸酶等各种酶类。液泡不仅有维持细胞渗透压、贮存营养物等功能，而且还有溶酶体的功能。

内含物

    真菌细胞中有各种内含物，不同种类的真菌，其内含物的种类也不相同。常见的有异染粒、淀粉粒、肝糖粒、脂肪粒等。它们多是贮藏的养料，当营养丰富时其内含物颗粒较多，当营养缺乏时，可因菌体的利用而消失。

    异染粒是真菌细胞中普遍存在的内含物，由偏磷酸及少量脂肪、蛋白质和核酸所组成。最初在细胞质中形成，后来存在于液泡中。异染粒在老细胞中常形成较大的颗粒，折光性强。脂肪粒在真菌细胞中也是普遍存在的。